在日本的某处，有一块靠结界和世界隔离的土地“幻想乡”。在那里，博丽神社的巫女博丽灵梦和魔法师雾雨魔理沙过着一如既往的日常生活，然而有一天她们突然被传送到了外界一个陌生的地方。她们偶然遇见了一名憧憬幻想乡、叫做堇子的人类，然后平安回到了自己的世界，但不知为何堇子也一起来到了幻想乡。身为外界人类的堇子，她的存在不光会打破幻想乡的平衡，还有和外界一起消失的危险。听闻此事的灵梦和魔理沙为了弄清威胁幻想乡和